Een hele reeks huidaandoeningen kunnen een teken zijn van de ziekte van Lyme, en het aantal huidaandoeningen dat wordt veroorzaakt door de Lyme bacterie is ook groter dan tot nu toe werd gedacht. Belangrijk is dat positieve huidstalen niet correleren met positieve bloedstalen voor de ziekte van Lyme. Of in andere woorden: bewijs van de ziekte van Lyme kan afwezig zijn bij een bloedstaal maar wel worden bevestigd door het nemen van de staal van de huid (indien er spefieke manifestaties aanwezig zijn).

Symptomen die betrekking hebben op de oren, keel en neus kunnen optreden bij de ziekte van Lyme en vaak optredende co-infecties. Deze symptomen betreffen bijvoorbeeld oorsuizingen (piepende toon in de oren), duizeligheid en gehoorverlies aan één oor, en een verhoogde gevoeligheid voor geuren en geluiden, tandpijn en hoofdpijn. In een recente Poolse studie waarin 216 patiënten met de ziekte van Lyme werden geïncludeerd rapporteerde 75% van de patiënten deze symptomen.