Een wetenschappelijk goed onderbouwde definitie voor ‘chronische Lyme’ is voorgesteld door Stricker en collega’s. Een uitgebreide beschrijving van de symptomen geeft richting aan dit ziektestadium van de ziekte van Lyme.

Omwille van de diversiteit van symptomen waarmee mensen met de ziekte van Lyme (en co-infecties) zich bij artsen presenteren, is het niet altijd gemakkelijk voor artsen om te weten of de symptomen aan de ziekte van Lyme kunnen worden toegeschreven. De huidige Lyme-testen zijn onvoldoende betrouwbaar zodat de ziekte van Lyme nog steeds en voornamelijk een klinische diagnose is. De ziekte van Lyme kan soms verkeerdelijk worden geïnterpreteerd alsof het om één ziekteverwekker (bacterie) zou gaan. In geval van persisterende symptomen wordt meer en meer gedacht in de richting van een multi-infectieus ziekte syndroom, waarbij dus meerdere ziekteverwekkende kiemen (bv. bacteriën en virussen) gezamenlijk verantwoordelijk zijn voor (persisterende) symptomen.

Een recent ontwikkeld instrument laat toe om op adequate wijze de ziekte van Lyme te onderscheiden van andere ziekten. Het is een instrument bedoeld voor een eerste screening, en op basis waarvan kan worden besloten of verdere bloed –en andere testen noodzakelijk zijn. Het instrument werd ontwikkeld door dr. Richard Horowitz (US), en het kreeg de naam ‘Multiple Systemic Infectious Disease Syndrome (MSIDS)” vragenlijst. Een statistische analyse heeft aangetoond dat het instrument een goed onderscheidend vermogen heeft om de ziekte van Lyme (en vermoedelijke co-infecties) te onderscheiden van andere ziektebeelden. Het gebruik door artsen wordt aanbevolen in de klinische praktijk. Patiënten kunnen de vragenlijst ook zelf invullen in voorbereiding van een consult bij een arts die kennis heeft over de ziekte van Lyme.